『エヴァンゲリオンANIMA』は元々、今は亡き月刊誌『電撃ホビーマガジン』にて連載されていました。
連載版の『エヴァANIMA』は本編だけでなく、扉絵や用語解説にまでストーリーの断片が散りばめられています。しかし残念ながらそれらは文庫版ではカットされており、より『エヴァANIMA』を知りたい方にはお勧めの資料です。
『電撃ホビーマガジン』より
『新世紀エヴァンゲリオンANIMA』
ここでは、今後（中古等で）連載版の『新世紀エヴァンゲリオンANIMA』を購入される方向けに、各月の内容をご紹介します。
購入の目安的なものとして捉えてください。
ネタバレ注意です。
※あくまで「連載版」の内容です。大筋は同じですが「文庫版」とは多少表現の違い等があります。
※連載時の執筆者は、第壱章が陰山琢磨氏、第弐章以降が山下いくと氏となっております。
2007年
12月号：連載直前インタビュー
『ANIMA』を始める事になった経緯や、タイトルの由来、この作品が目指すもの等が語られます。
【第壱章】
※文庫版第1巻相当
2008年
1月号：第1話「スイカ畑の追憶 ネルフ日本本部急襲」
加持リョウジの活躍により、ゼーレによるネルフ本部への侵攻計画は事前に発覚した。これに対抗すべく、初号機の強化と零号機の再生を進める。
来たる決戦の日、アスカは9機のエヴァ量産機を前に敗れ、擱坐する。頭部をロンギヌスの槍のコピーで貫かれたエヴァ弐号機。そこへ駆けつけた初号機F型と零号機F型は、圧倒的な力で量産機を次々と撃破する。しかし最後の1機がジオフロントへ侵入すると、リリスの展開した空間がネルフ本部を含む周囲を飲み込み、凍りついてしまうのだった。碇ゲンドウや赤木リツコをはじめ、一部ネルフスタッフらもこれに巻き込まれた。
この3年後、物語は動き出す。
補足：文庫版ではこの「ネルフ本部戦」の描写は数行にまとめられており、設定も若干変更されています。この設定変更は連載中、執筆が山下氏に引き継がれた時からのものです。
2月号：第2話「零号機失墜」
「私なら、あと3人いる」
綾波レイ自身の提案と、鹵獲した3機の量産機をベースに構築された、絶対不可侵を誇るネルフJAPANの防備を担う新たな機体「0･0エヴァ」の一機が突如墜落する。3年ぶりに耳にした警報に触発され、碇シンジとネルフJAPANの面々が動き出す。
夢の中で、渚カヲルが言う。
「いま、ボクじゃないボク、〝黒い奴〟が目覚めようとしている」
3月号：第3話「黒の呼び声」
新たなるエヴァの大改修へ向けて、パイロット達は説明を受けていた。
そんな中、墜落した「0･0エヴァカトル機」付近に突如エンジェルキャリヤーが出現。シンジとアスカが迎撃に出撃するが、何故かエントリープラグなしで起動した0･0エヴァカトル機によって、初号機F型は大破してしまう。
4月号：第4話「母から託されたもの」
いつかのように再びシンジを取り込んだ初号機は、激しく発光すると共に自らの〝再構成〟を開始する。
一方、逃亡した0･0エヴァカトル機とそのパイロット「レイ･カトル」は戦自の襲撃を受けるが、反撃どころか無慈悲な程に一方的な殺戮を始める。
5月号：第5話「剛き鼓動」
L.C.L.の中でシンジが出会ったのは、亡き母･碇ユイだった。母に導かれるまま、シンジは〝お手伝い〟を始める。
その頃、再度来襲したエンジェルキャリヤーと交戦していたアスカは、苦戦の末にロンギヌスの槍のコピーを手にする。しかし、善戦虚しくその最終兵器は、キャリヤー内に潜伏していた使徒レリエルに奪取されてしまうのだった。
6月号：第6話「スーパーエヴァ出撃」
シンジは〝お手伝い〟を通して何かを形作っていく。そんな中、またもエンジェルキャリヤーが出現。改修中の初号機ケージへ向かう目標に対し、アスカ、レイはなす術が無かったが、突如現れた新たな初号機の形「S･エヴァ」によって、キャリヤーは一瞬で撃破されたのだった。
7月号：特別編「ノックもせずに」
ネルフJAPAN職員、青葉シゲル。S･エヴァの誕生後、彼は第3新東京市を出て、かつての恩師にその性能について教えを乞いていた。
8月号：第7話「帰還」
シンジは生還した。だが、ハッチから姿を現すと早々に次の問題が発覚した。初号機内でインターフェイスの役割を担っていたユイが消え、その役をシンジが受け継いだ事によりS･エヴァとひとつの意識で繋がる〝単体〟となってしまったのだった。
ケージ内に響く〝エヴァの心音〟に反応し、月に異変が起きる。月面に現れた黒い影。人類は新たな脅威を前にする。
9月号：第8話「黒い脅威」
月面に突如出現した黒いエヴァ。それは対使徒アラエル戦で使用したオリジナルのロンギヌスの槍を手にしていた。その石突きを突く度、謎の衝撃波が地球を襲う。ネルフJAPANは迎撃体制に入り、小惑星兵器「アテンの鉄槌」を起動するが、それも空しく、ロンギヌスの槍は地球めがけて投擲されてしまうのだった。
10月号：第9話「宇宙（そら）を覆うもの」
月面に突如出現した黒い巨人は、ミサトによって「アルマロス」と命名された。アルマロスの要求は唯一つ。〝補完計画が失敗した世界のリセット〟。
投擲されたロンギヌスの槍はなんと伸長しながら、地球の極軌道を周回し始め、さらに地殻が縮退を始めていた。アルマロスの要求通り、終焉が始まったのだ。
11月号：第10話「閉ざされた祈り」
ネルフJAPANではアルマロスへの対抗のため、これまでに得た情報を元に解析を行なっていた。
結局、人類補完計画とは一体何だったのだろう。
再びシンジは夢の中、カヲルは言う。
「この世界で、キミは上手くやりすぎた。今度こそ補完計画が完遂されるよう、次の世界では補正がかけられるようだね」
12月号：第11話「カトル来襲！」
シンジの前に失踪したレイ･カトルが突如現れる。
「お願い。私を補完して」
そう言った彼女は、後ずさりしたシンジに対して怒りの感情を向け、問う。補完計画に失敗し、崩れゆく世界の責任を。
0･0エヴァカトル機に搭乗したレイ･カトルに対し、シンジはS･エヴァで再戦を挑む。が、一瞬の隙に取り逃してしまう。
2009年
1月号：連載一周年記念特別版「山下いくと×陰山琢磨スペシャルトーク」
「エヴァンゲリオンANIMAの真実！(総集編)」
これまでに連載された第11話までの内容を、山下いくと氏自らが執筆。
2月号：第12話「鳥が消えた日」
ネルフJAPANは、ロンギヌスの槍を投擲したアルマロス撃破のために、月面にエヴァ弐号機を送り込むべく改修を進める。
新しい機体の名前は「エヴァ弐号機Ⅱ式･アレゴリカ」。天馬が空を翔るが如く、ついにエヴァが宇宙を飛ぶのだ。
3月号：第13話「地球光」
アスカのエヴァ弐号機Ⅱ式･アレゴリカと、レイ･サンクの0･0エヴァサンク機は、地球と月を隔てるロンギヌススフィアに向かう。軌道投入後、エヴァ零号機F型の沈下型領界侵攻銃を用いた調査によってもたらされた事実は衝撃的であった。なんと、ロンギヌススフィアの正体は巨大なA.T.フィールドであるという。
4月号：第14話「絶滅球」
アスカ達はロンギヌススフィア突破を試みる。しかし、接触した境界面はエヴァを、いやエヴァのA.T.フィールドを離さなかった。離脱不可能な状況下、ロンギヌススフィアの中和にも苦戦していた。
5月号：第15話「脅威体」
絶体絶命の状況下、レイ･サンクの機転がアスカを救った。間一髪でロンギヌススフィアをすり抜けたアスカだが、その傍らにレイ･サンクの0･0エヴァの姿はなかった。
6月号：第16話「失われた切片」
レイ･サンクの死は、S･エヴァを通じてシンジに重大な精神的ダメージを与えた。結果、手に負えない状態となってしまったS･エヴァは、睡眠状態のシンジと共に十勝方面へ打ち上げられた。着地したS･エヴァの〝鼓動〟を捉えて出現したエンジェルキャリヤーと交戦するシンジ。だがトドメを刺したのは雲を貫いた一筋の光だった。降臨する白亜の弐号機。その正体とは？
7月号：特別編 Vol.1「進化するエヴァンゲリオン」
「ゼーレ急襲からスーパーエヴァンゲリオン出撃まで3年の月日を振り返る(総集編)」
人類補完計画の発動からS･エヴァの出撃までの3年の間に、エヴァが進化してきた過程と設定解説、物語の振り返り。
8月号：特別編 Vol.2「スーパーエヴァンゲリオン 最新情報‼︎」
「登場人物･敵機の紹介&解説」
S･エヴァの造形計画について。
【第弐章】
※文庫版第2,3,4巻相当
2009年
9月号：第1話「海嘯」
雲の間から光を浴びて白く輝く弐号機の名は「エヴァ･ユーロⅡ･ウルトビーズ」だという。なんと、そのパイロットは洞木ヒカリだった。国連緊急展開軍を引き連れた彼女はネルフJAPANに対し、施設と機材の接収を宣告したのだった。
10月号：第2話「最後のゼーレ」
ネルフJAPANにとっては幸運にも、国連緊急展開軍は急遽撤退を余儀なくされる事態に陥っていた。
その頃、遥か彼方キプロスには加持リョウジと相田ケンスケが訪れていた。発見したキール議長の遮光器を掛けた加持は、自らが依代となってしまう事に気付くが手遅れだった。いま、最悪のタイミングでゼーレが蘇ったのだ。

11月号：第3話「歪められた庭園」
ロンギヌススフィアを突破したアスカの目の前には、信じられない光景が広がっていた。月が酷く膨張し、赤くひび割れているのだ。その月面でアスカを出迎えたのはエンジェルキャリヤー。その胸には仇敵、使徒アラエルを宿していた。いま、再戦の火蓋が切られる！

12月号：第4話「抗う者」
激戦の末、アラエルキャリヤーに勝利したアスカは体勢を立て直し、アルマロス捜索を開始する。
一方、地球では鈴原トウジ副司令代理が北陸の山中で、ユーロ軍生存者救出のため駆け回っていた。
2010年
1月号：特別編「インターミッション･アスカ月影にて」
アスカはエヴァ弐号機Ⅱ式･アレゴリカの損傷具合を確認し、引き続きアルマロスを捜索していた。
エヴァンゲリオンANIMA入門編「2年ぶんのあらすじ」
これまでに連載された弐章第4話までの内容を、山下いくと氏自らが執筆。
「スーパーエヴァ超合金製品詳細決定！」
S･エヴァ造形計画の続報。可動検討モデル、各種保持武器の解説。のちに
超合金エヴァンゲリオンANIMA『スーパーエヴァンゲリオン』
として発売される事になる。

2月号：第5話「渦巻く天極」
加持がゼーレと化した事実にショックを受け、ネルフJAPAN総司令の葛城ミサトは一人、泣いていた。その彼女の前に突然現れるレイ･カトル。
その頃、S･エヴァのさらなる改修が進んでいた。飛行能力を有する敵性戦力に対抗するためのヴォルテックス装備だ。そんな時、翼を持った新型のエンジェルキャリヤーが3機現れる。シンジは新たな力を制御できるか？

3月号：第6話「黒の思惟」
レイ･カトルがミサトを連れ去った。ネルフJAPANの空中分解を危惧したトウジは京都へ出向き、旧ネルフ副司令の冬月コウゾウを顧問として迎え入れる。
その頃、アスカはついにアルマロスを発見する。そして、とんでもない仮説が頭をよぎり、その場を離れたのだった。
4月号：第7話「Somewhere in Time」
0･0エヴァカトル機がキプロスに出現。ミサトは加持と再会する。ゼーレの後継者となった加持が語る、人類補完計画とゼーレの正体とは。
その頃、アスカは月面で〝使徒を生み出す全ての元凶〟と思しきガラス状構造物を発見する。日本では二対の巨人、ヴィクターが現れ、次元の窓を開く。

5月号：第8話「箱船」
レイ･カトルを自らの手駒にしたゼーレ加持は、そのままミサトらを過去世界の百体を超えるエヴァによる最終決戦地「人体の谷」へと導く。そこでついに〝箱船〟を発見。
0･0エヴァカトル機は、襲来したエヴァ･ユーロⅡ･ウルトビーズを迎え撃つべく舞い上がった。

6月号：第9話「閉ざされた環の中で」
アスカは月面で発見したガラス状構造物の破壊を試みていた。攻撃がすり抜けるそれを前に、直接攻撃に出てついに自ら触れた時、アスカは過去世界すべての生命情報を流し込まれてヒトの形を失ってしまう。その構造物＝人類補完計画の鍵〝箱船〟の正体と、アルマロスが求めるリセット＝〝大洪水〟の真相とは。
その頃、月へ向かったアスカの身を案じ、次元の窓に突入したシンジはエンジェルキャリヤーとヴィクター達を前に苦戦していた。しかし、S･エヴァ右肩の新型砲「ナイアール」が起動しヴィクター一体を撃破する。

7月号：第10話「黒と紫」
北アフリカの空で撃ち合う二機のエヴァ、〝窓〟を経て辿り着いたS･エヴァ、月面に吸い込まれたあと岩の大地から躍り出たアルマロスとエヴァ弐号機。奇しくも過去世界と同様、「人体の谷」にエヴァンゲリオン達が集結した。月面にいるはずのアルマロスの出現に動揺し、攻撃するシンジ。しかし、地球のまわりを周回していたロンギヌスの槍がアルマロスによって呼び寄せられ、そのままS･エヴァのS²機関＝心臓を抉り取る。

8月号：特別編「スペシャルギャラリー」
「新世紀エヴァンゲリオンANIMAヴィジュアルブック」
「兵装ビル アーミングツリー&武器セット」
「綾波レイ No.シス 造形計画」
「Sエヴァ撮影の愉しみ」
9月号：特別編「スーパーエヴァンゲリオン&ヴォルテックス」
「ヴィジュアルブック発売決定！」
「インタルード」
S･エヴァが〝窓〟の向こうへ消えた翌日、レイ･シスは第3新東京市の地下で使徒サンダルフォンの幼生に会敵。機動性の低いエヴァ零号機F型は、動きの早いサンダルフォンに翻弄され続け機体ダメージはどんどん蓄積されていく。万事休すと思われたがその時、冬月の機転で芦ノ湖の湖水が流れ込み、使徒は粉々に散ったのだった。
10月号：第11話「弐号機の呼び声」
エヴァの古戦場「人体の谷」での戦いは終わった。ロンギヌスの槍に心臓を奪われたS･エヴァ＝シンジが死ぬのは時間の問題だったが、ヒカリの機転によりエヴァ･ユーロⅡ･ウルトビーズのQRシグナムを取り付けられ、一命を取り留めた。シンジはヒカリに促され、目の前の赤い巨人に呼びかける。ヒトとエヴァが混じり合ったようなその姿には、アスカの面影があった。

11月号：第12話「チルドレン」
シンジ達の元に、ネルフJAPANからの迎えがやって来た。トウジはヒカリと再開するも、彼女は自分の意思で、今後もユーロに協力を続けるという。
心臓を奪われた代わりにQRシグナムを取り付けたS･エヴァと、アスカと弐号機が融合した赤いエヴァ。問題は山積みだが、集結した者達は皆ようやく帰路に着くのだった。

12月号：第13話「道標なき旅」
日本への帰路の途中、収容されていたレイ･カトルが航空機から飛び降りる。慌てて助けたシンジはそのままS･エヴァと共に落下してしまうが、レイ･カトルがS･エヴァに取り付けられたQRシグナムを使って共に転移した。辿り着いた先に待つものは一体…！？
2011年
1月号：第14話「リンゴの芯」
レイ･カトルによって転移した先、異境の地でシンジ達が邂逅したのはゼーレ加持だった。知っている地球の環境とずいぶん違う事に困惑するシンジに対し、加持はこの星の名を教えた。リンゴの芯、またの名を〝エデン〟である、と。
シンジは、かつてアスカからロンギヌスの槍のコピーを奪った幼生使徒レリエルを胸に宿すエンジェルキャリヤーを発見し、とある作戦に出る。

2月号：第15話「対称座標」
シンジは新装備ソード袈裟羅･婆娑羅を駆使し、ゼーレ加持の操る0･0エヴァカトル機を沈黙させた。その時、レイ･カトルは自らゼーレ加持の元へ帰り、シンジに対し自分の代わりにレイ･トロワと共に帰るよう促す。
その頃、第3新東京市に戻った面々はアスカエヴァ統合体が月から持ち帰った情報を精査していた。

3月号：第16話「北の地への招待」
ついにお披露目の米国製エヴァンゲリオン。そしてマリの初登場！作戦に向けて人類の超兵器は決戦の地、ロシアのノヴァヤゼムリャ島に集結していた。
一方、技術部科学部兼任主任の伊吹マヤはアスカエヴァ統合体と共に、水位の下がった芦ノ湖の底から現れた巨大な殻のような物体〝ガラスの卵〟内部より発見された、弓のような形状武器の動作実験を行なっていた。その時、突如海中から現れた黒い根のような物体によってアスカエヴァ統合体は地面に引きずり込まれてしまう。

4月号：第17話「招待客たち」
人類は各国の全兵力を投入しての大総力戦を企てる。しかし、集結中に突如ヴィクター＝トーヴァートβが出現、その胸にはあろうことかS･エヴァの奪われた心臓が輝いていた。ヒカリらが迎撃し致命傷を与えるが、人類軍も大打撃を受ける。そんな中、さらにアスカエヴァ統合体が現れる…もう一体の新たなトーヴァートとして。

5月号：第18話「行き違うエレメント」
大破したトーヴァートβと、突如出現したアスカ＝トーヴァートα1は〝窓〟を開き、7体のエンジェルキャリヤーを召喚。遅れて参戦したマリ＝USエヴァビースト/ウルフパックが圧倒的な力で内2体を撃破するが、そのままトーヴァート達は戦場を離脱する。一足遅れで地球に帰還したシンジ達は、アスカとの会合を逃してしまうのだった。残されたエンジェルキャリヤーとの戦いが始まる。

6月号：第19話「我及ぶ限りの世界で」
S･エヴァとUSエヴァビースト/ウルフパックは、4体のエンジェルキャリヤーが形成する四角錐の空間に閉じ込められる。その特殊空間の中で強化されたエンジェルキャリヤーとの交戦中、シンジは奪われた自分の心臓の在り処に気付く。

7月号：第20話「万華鏡の空」
エンジェルキャリヤーとの交戦の中、USエヴァビースト/ウルフパックはラミエルキャリヤーから加粒子砲を放つ能力を奪い、左腕を失ったS･エヴァはいつかの使徒戦のように、今度はシンジ自らの意思でゼルエルキャリヤーから伸びる帯を奪い、再生した。戦いを終えたシンジとレイ･トロワは、長い旅からようやく第3新東京市へ帰るのだった。
8月号：第21話「明るい夜を僕らは」
帰還した彼らを待っていたのは騒然とした職員らだった。地下の旧ジオフロント封印区画内の、時間停滞スフィアが忽然と姿を消したのだ。リリス、そして碇ゲンドウ以下、旧ネルフ職員と戦自特殊部隊員らは一体何処へ消えたのか？

9月号：第22話「軌道荒天」
ノヴァヤゼムリャ島作戦の際に行方不明になっていたレイ･シス＝エヴァ零号機F型･アレゴリカ捜索のため、レイ･トロワは軌道上に残る最後の0･0エヴァ、シス機に乗り込む。その頃、軌道上で目覚めたレイ･シスは高速移動物体を感知する。それはシンジが「エデン」より地球へ投擲した、ロンギヌスの槍のコピーだった。

10月号：第23話「漂泊大地」
月から剥離した小天体規模の巨大な大地が飛来。マリはトーヴァート達の〝窓〟によってその剥離大地へと転移される。さらに、トーヴァートβの〝心臓〟に呼応したシンジは弓状の発掘兵器アズマテラスを起動、発射された7つの光は剥離大地の半分を消失させるが、S･エヴァは天に弓を引く姿勢の巨大な塩の柱と化し、そのまま崩壊するのだった。

11月号：第24話「新旧世界の狭間で」
S･エヴァは塩の柱となって崩れた。しかし、その胸にあったQRシグナムだけはそのまま残っていた。マヤはこのQRシグナムと、シンジがノヴァ島作戦から持ち帰ったエンジェルキャリヤーの杖状武器を使い、ある実験を始めようとする。その頃、月の剥離大地「ヨモツヒラサカ」ではUSエヴァビースト/ウルフパック、エヴァ零号機F型・アレゴリカ、トーヴァート2体、そしてアルマロスが集結していた。
12月号：第25話「多重幻想」
「ヨモツヒラサカ」で繰り広げられる激戦。それは過去世界において「人体の谷」で繰り広げられたという、エヴァ同士の戦いの再来なのか？ アスカの呼び声に応え、ついに自分の体と〝心臓〟を取り戻すシンジ。そしてレイ･トロワは驚きの行動に出る。
2012年
1月号：第26話「レンズ」
復活したS･エヴァはロンギヌスの槍のコピーを手に、アスカを喰らおうとするマリ＝USエヴァビースト/ウルフパックと交戦する。ついにロンギヌスの槍のコピーがUSエヴァビースト/ウルフパックの胸を貫いた時、背後に黒く大きな影が現れた。
その頃、マヤの地下実験には新たな動きがあった。

2月号：第27話「焦点収束」
暴走する〝心臓〟が吹き出す膨大なエネルギーを制御できず、S･エヴァは光の巨人になりかけている。それは間もなくサードインパクトを引き起こす危険な状態にある事を意味していた。ゼーレ加持はロンギヌスの槍のコピーを取り戻すため、レイ･カトルにレイ･シス＝エヴァ零号機F型･アレゴリカへの攻撃を命ずる。しかし、使用した発掘兵器アズマテラスの正体は、アルマロスの武器「背神弓サクリレガス」である事に気付く。S･エヴァと交戦中のアルマロスはサクリレガスの起動に反応し、発した声はあろうことかシンジの声だった。明かされるアルマロスの正体とは！？

3月号：連載5年突入記念特別版 ANIMAコミック
オリジナルのロンギヌスの槍が地球とヨモツヒラサカの間に形成した、巨大な空間の歪み「レンズ」によって、アスカとマリは膨大な生命情報からサルベージされた。
光の巨人となりかけているS･エヴァは、転移したアルマロスを無理矢理サルベージした。いよいよ地球に落下しようとしているヨモツヒラサカをサードインパクトの力で受け止め、道連れにするつもりだ。

4月号：第28話「衝突軌道」
シンジはついに、自らの意思でサードインパクトを発動する。光の巨人となったS･エヴァに対し、同じく巨大化するアルマロス。しかし、トドメを刺したのはヒカリ＝エヴァ･ユーロⅡ･ウルトビーズが持つ新型兵器「悪魔の背骨」だった。シンジは最後の力でヨモツヒラサカを受け止め地球に降下する。
この日、太平洋上に新たな島が生まれた。

5月号：特別編「第弐章終結！」
最終章突入前に、第弐章の「人体の谷」戦からヨモツヒラサカ落下までを、ビジュアルで振り返る！
【第参章】
※文庫版第5巻相当
2012年
6月号：第1話「新島誕生」
力を使い果たし、サードインパクトを自ら起こして死亡したと思われていたシンジ。しかしシンジとS･エヴァは帰還する。その時、S･エヴァの外見は大きく変わっていたが、どこか三年前の装甲規格に戻ってしまった感があった。
集団催眠の夢の中で、シンジの母･ユイが高校生として登場！ 彼女は、シンジとS･エヴァが彼らが起こしたサードインパクトを、終わる寸前0.82秒でそのピークパワーを時間ごと止めたこと、シンジの余命もまたそれと同じであることを告げる。

7月号：第2話「それぞれの帰還」
戦いは終わったはず、それなのにまだ敵が来る。その正体は一体！？
集団催眠の夢の中、アスカはシンジをエントリープラグに乗せる。その時、旧セントラルドグマに現れたのは…？

8月号：第3話「美しくも苦しき世界」
旧セントラルドグマに現れたS･エヴァは何者かによる改修を受けていた。そこには碇ゲンドウ以下、旧ネルフ職員の名前があった。アスカの助けを借り、シンジは夢の中で目覚める。その後、戦自は月より落着したヨモツヒラサカで驚くべきものを発見する。

9月号：第4話「最終号機」
地球破滅の元凶･黒いエヴァ＝アルマロスにトドメを刺したヒカリとエヴァ･ウルトビーズに異変が起きる。白い機体は黒く染まり、その姿はアルマロスそのものだった。その後、シンジが起動したS･エヴァには葛城ミサトによって新しい名前が与えられた。
「エヴァンゲリオン最終号機リフトオフ！ その名を刻んでこれより先、新たなエヴァを必要としない世界を拓け」

10月号：第5話「シンジの槍」
シンジは、父･ゲンドウ達の残した新たなるエヴァを召喚する。4枚の羽を持つその姿は、セカンドインパクトを巻き起こした光の巨人を連想させた。シンジがヨモツヒラサカ新島に着いた時、そこに来たのはアルマロスではなく、エンジェルキャリヤーだった。まだ最終号機の力を使いこなせていないシンジは、自由の効かない地下深くまで追い詰められる。その時、溶岩から作り出した一本の槍がシンジを悩ませるものすべてを砕いた。

11月号：第6話「ヒカリのアルマロス」
ついに姿を現すアルマロス。その時、トウジは脳に、意識に直接飛び込んでくるアルマロスの言葉を聞いた。ヒカリが搭乗するアルマロスに対し、本気で戦うことを決意するシンジ。その頃、脱走したマリを見つけ、その目的を知ったアスカはエヴァ弐号機を取り戻すために追いかけていた。そしてネルフJAPANでは、レイ･トロワがロンギヌスの槍のコピーを強奪する。芦ノ湖北岸は誰も予想しなかったにらみ合いになっていた。

12月号：第7話「世界樹」
人類補完計画の記憶庫である「箱船」がアスカとマリに影響を与え始めるが、無事、エヴァ弐号機を取り戻したアスカ。その頃、アルマロスと交戦中のシンジの前に、新たなトーヴァートが姿を現す。トーヴァートの正体とは！？ そしてついに姿を現した大転移構造、補完計画の全大地を結ぶ道、世界樹。そのきっかけはシンジが放ったルクレティウスの槍だった。
2013年
1月号：第8話「天空流転」
アスカは再びエヴァ弐号機とシンクロし、さらに自らの意思でアスカエヴァ統合体となる。ついに光の巨人となったエヴァ最終号機。その頃、レイ･トロワはゲンドウ達の声を聞く。そしてアルマロスは失われたオリジナルのロンギヌスの槍の代わりにコピーを狙う。

2月号：第9話「ボトルシップの帰還」
アルマロスが箱根に襲来。レイ･シスが迎撃するが、アルマロスを追って現れたアスカが強引に引っ張り上げ、箱根から遠ざける。その頃、ネルフJAPANではゲンドウ達の声が響く。0･0エヴァカトル機とロンギヌスの槍のコピー、そして碇ユイによって箱根に碇ゲンドウ以下、旧ネルフ職員が現れる。そしてゼーレ化していた加持はその役目を終え、自我が戻り、リリスは月へ打ち上げられた。

3月号：第10話「大洋割断」
アルマロスはヨモツヒラサカ新島を箱根に向かって引き寄せ始めた。島を牽引する巨大な腕。シンジは残された自分の固有時間を使って、天を埋める大転送構造／世界樹の根のもはや一部と化した超巨人アルマロスの腕を切り落とす。しかし、そこから飛び出したロンギヌスの槍に、再び光の巨人と化したシンジは射抜かれてしまった。

4月号：第11話「ムゲンザイノオンヤドリ」
最終決戦の行方は！？
新世紀エヴァンゲリオンANIMAの最終話、それはぜひ、ご自分の目でお確かめください！
最終回となるこの月には、ミニポスターが収録されています↓
『電撃ホビーマガジン』
2013年4月号より
※このページは2017年投稿の
『新世紀エヴァANIMA』各話内容･あらすじ
を大幅に加筆・修正したものです。
私自身が連載版を読み直し、内容・あらすじ解説を書き直しました。
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